El Carmen Museum

Cuenta con 21 salas de exhibición permanentes:
Portal de Peregrinos
En esta sala se exhibe una pintura al fresco con una iconología que describe la historia fundacional de los frailes carmelitas. Este espacio servía para alojar a los peregrinos cuando visitaban a la virgen del Carmen.
Sala Introductoria (de 102 m²)
En este espacio se presenta la historia de la Orden del Carmen. Originalmente, este lugar estaba dividido en tres celdas, con un funcionamiento muy práctico: la celda del portero, una bodega y la barbería del colegio.
Sacristía y Antesacristía (de 70 m²)
Se exhiben cómodas, cajoneras y alacenas ricamente labradas. La sala estuvo destinada al depósito de las vestimentas sagradas y los accesorios para la misa. El mobiliario, junto con el artesonado barroco del techo y los magníficos lienzos de Cristóbal de Villalpando, es evidencia de la distancia que los frailes carmelitas fueron tomando de los rígidos y austeros preceptos originales.
Criptas (de 102 m²)
En este espacio se encuentran la pintura mural y el juego de azulejos que cubre las paredes; fragmentos de retablos barrocos y un escudo de armas ricamente labrado que evidencia la concesión de la cámara más lujosa al mayor Juan de Ortega y Valdivia. Se pueden observar los 12 cuerpos momificados.
Lavabo (de 27 m²)
Está sala está engalanada con azulejo español, pintura mural y cartelas con sentencias en latín, tomadas del Antiguo Testamento. La pequeña bóveda de este sitio, única en su tipo, resalta por su peculiar geometría de arcos entrecruzados.
Capilla Doméstica (de 52 m²) y Antesacristía de Capilla Doméstica (de 22 m²)
En esta sala se encuentra un retablo, auténtico ejemplar del barroco salomónico novohispano, tallado por Francisco Martínez, correspondiente a la primera mitad del siglo XVIII.
Sala de Gran Formato (de 120 m²)
Antigua Biblioteca del Colegio
Letrina (de 76 m²)
Ropería (de 30 m²)
Incluye obras sobre la vida de santa Teresa de Jesús, reformadora y fundadora de la Orden del Carmelo Descalzo, y algunos óleos y esculturas de otros santos fundamentales de la Orden.
Celda Tipo (de 9 m²)
Ambientación de una celda en donde los frailes pasaban gran parte de su día. Se exhibe una cama austera y una pintura mural
Celda del Abad (de 48 m²)
En este tipo de celdas habitaba el prior del convento. Se muestran pinturas de los apóstoles del siglo XVIII y XIX
Antecoro (de 60 m²)
Espacio que, gracias a la bóveda con la que contaba, ampliaba la voz de los frailes, razón por la que se destinaba para cantar.
Sala de Literatura (de 22 m²)
En esta sala, las y los visitantes pueden percibir la atmósfera que produce la cercanía de las cúpulas de la iglesia y su espadaña, dañada en el sismo del 2017.
Celda 3-4 (de 21 m²)
Celda 5-6 (de 21 m²)
Se exhiben diversas obras del arte virreinal.
Celda 7-8 (de 30 m²) y Celda 9-10 (de 20 m²)
Espacio en el que se aborda la iconografía de las advocaciones marianas.
Celda 57-58 (de 30m²)
En esta sala se muestran muebles de la época virreinal.
Celda 61 (de 8 m²)
Tribuna (de 12 m²)
Este espacio permitía a los frailes escuchar la misa sin ser vistos por la gente del exterior del convento. Tiene una celosía y una vista directa al presbiterio de la iglesia.
Exposición permanente Carmen Carrillo: Mujer Líder y Creativa
Se exhiben los logros de esta gran mujer como gestora cultural, directora de museos, organizadora de equipos y artista.

Cuenta con cinco salas de exhibición temporales:
Refectorio (de 82 m²)
Lugar donde los frailes tomaban sus alimentos en estricto silencio.
Ante Refectorio (de 57 m²)
Temporales Planta Alta Enfermería (de 107 m²)
Temporales Planta Baja Enfermería (de 106 m²)
Sala de Arcos Enfermería (de 200 m²)