Museo Juan Rodríguez Cabrillo

El recorrido comienza con una explicación de la bahía de San Quintín, que adquirió su geografía actual durante el Pleistoceno, época geológica que inició hace aproximadamente 2.5 millones de años y terminó hace 10 mil años.
Se muestran las diferentes formaciones geológicas del valle, a través de fotografías de rocas sedimentarias y vulcano sedimentarias aluviales del Pleistoceno y del Holoceno, donde se asientan los desarrollos urbanos actuales y la zona agrícola.
También se muestran ejemplos de rocas sedimentarias de origen marino de la Formación Cantil Costero, que data del Plioceno, aproximadamente 5.3 a 2.5 millones de años, así como rocas de la Formación Rosario, del Cretácico Tardío, que comenzó hace 135 millones de años y terminó hace 65 millones de años.
La siguiente sección museográfica aborda los fósiles encontrados en la región que datan de diferentes etapas geológicas. Los más representativos y antiguos son los amonites, moluscos cefalópodos cuya concha enrollada sobre sí llegó a medir hasta un metro de diámetro.
Es posible observar restos de baculites, organismos emparentados a los amonites, que poseían una concha recta. Ambos moluscos fueron abundantes y diversos durante el Cretácico, tiempo en que habitaron los mares del mundo. En el museo se presenta una muestra representativa de estos ejemplares.
El recorrido continúa con la exhibición de fósiles de diferentes tipos de moluscos e invertebrados, como caracoles y almejas, que son comunes en los alrededores de San Quintín, todos ellos de diferentes épocas geológicas, que son evidencia de cuando la región estuvo cubierta por los océanos.
Una de las secciones está dedicada a los dinosaurios, donde se presenta la reconstrucción de algunos ejemplares de hadrosaurio y albertosaurus, especie herbívora y carnívora, respectivamente. Los huesos de estos ejemplares fueron hallados al sur del valle, en lo que se conoce como El Rosario.
Esta megafauna habitó la zona hacia finales del Cretácico (65 millones de años), cuando la región se caracterizó por ser un gran bosque, cuyos troncos de árboles se hallan petrificados en los alrededores de San Quintín. En este recinto museístico se presentan ejemplos de madera petrificada.
Otra de las áreas del museo aborda la era del Pleistoceno aproximadamente 10 mil años atrás, cuando el valle era una región con abundante vegetación y una mayor humedad, que albergaba a grandes mamíferos como caballos, camélidos, mastodontes y mamuts entre otros, de los cuales se exhiben algunos restos óseos y se reconstruye una zona del hallazgo.
En cuanto a los primeros grupos indígenas de cazadores-recolectores que habitaron el área de San Quintín -hace 9000 a 8000 años antes de nuestra era-, se creó un módulo que explica que estas poblaciones se caracterizaron por llevar una vida seminómada y desarrollar sus actividades cotidianas en campamentos estacionales ubicados en las costas y en tierras interiores, lo que les permitió explotar recursos de ambos ambientes. El museo exhibe la reconstrucción de un campamento estacional y algunas puntas de proyectil, entre otros materiales arqueológicos.
Asimismo, se muestra un mapa de distribución de los grupos indígenas kiliwas, estos grupos de la familia lingüística yumana, habitaron un amplio territorio que se extendía desde el litoral del Océano Pacífico, el Valle de la Trinidad (entre la Sierra de San Miguel, de San Pedro Mártir y el desierto de San Felipe) y la costa del Golfo de California, durante el periodo conocido como Prehistoria Tardía, de hace 1500 años hasta el contacto con los españoles. Actualmente esta etnia se concentra en la comunidad Arroyo de León.

Por último, se presenta una reconstrucción de dos misiones de la entidad: Nuestra Señora de El Rosario, fundada por los dominicos en 1773, y la de Santo Domingo de la Frontera, construida en 1775.